W grze Dr. Blob’s Organism 1.1 wszystko się dzieje w laboratorium zwariowanego doktora, który powołał do życia zieloną substancję, niebezpieczną dla otoczenia. Na szczęście, jest ona zamknięta w spodku, jednak robi wszystko, żeby się poza niego wydostać. Od bohatera gry zależy, czy jej się to uda, czy nie. Bohater Dr. Blob’s Organism 1.1 ma do dyspozycji śmiercionośne działa, które są uzbrojone w wiele rodzajów broni i ostrzeliwują zieloną substancję, aby ta miała jak najmniej sił, żeby nie pozwolić jej wydostać się poza obręcz spodka. Działo się wokół niego obraca, więc gracz z każdej strony może pilnować, aby zielona substancja w żaden sposób nie mogła się wydostać na zewnątrz. Wbrew pozorom, zielona substancja w Dr. Blob’s Organism 1.1 jest mocna i nie jest łatwym celem do wyeliminowania. Mało tego, rozrasta się w tak szybkim tempie, że wciąż pojawiają się nowe szczepy zielonej substancji, które też są niebezpieczne i trudne do wyeliminowania, a to oznacza, że gracz cały czas musi być bardzo uważny.
